Предполагается, что название происходит от прозвищного имени Мышка. По легенде, один князь (предположительно Фёдор Михайлович Мстиславский) прилёг отдохнуть на берегу Волги, проснулся оттого, что по его лицу проползла мышка. Вначале он рассердился, но потом увидел, что мышка спасла его от подползающей змеи.
На территории Мышкина практически нет промышленности.
Основным направлением в развитии Мышкина является туризм. Работа по привлечению туристов и созданию туристической инфраструктуры была начата в 1996 году с проведения международного фестиваля «Мышь-96».
Основные достопримечательности города -музей малых форм народной архитектуры (деревянное зодчество), богатый археологический отдел, выставка, посвященная П.А.Смирнову (российскому водчнику) - уроженцу Мышкинского уезда, дворец мыши, музей валенок.
